Ботанический сад был заложен 5 мая 1912 г. по инициативе и на средства жителя г. Вятки, отставного полковника А.А. Истомина, потратившего на его создание значительную часть своего наследства. Располагается в верховье оврага Засора, в квартале современных улиц Карла Маркса, Горбачёва и Карла Либкнехта. Основные посадки производились в 1913-1914 гг. После революции 1917 г. сад был национализирован и передан сначала в ведение Вятского губернского музея местного края, а с 1923 г. - в ведение Вятского педагогического института (ныне Вятский государственный гуманитарный университет).
Согласно Федеральному закону «Об особо охраняемых природных территориях», принятому Государственной Думой 15 февраля 1995 г., ботанические сады получили статус особо охраняемой природной территории и относятся к объектам общенационального достояния.
Ботанический сад ВятГГУ расположен в центре города, его главный вход обращён к ул. Карла Маркса. Он занимает территорию площадью 3 гектара. Здесь представлено более 180 видов древесно-кустарниковых растений и более 400 видов травянистых. Наряду с местными растениями, составляющими третью часть коллекции древесно-кустарниковых видов и пятую часть «цветочной» коллекции, здесь экспонируются представители флоры Северной Америки, Юго-Восточной Азии, Кавказа и Крыма, Сибири и Дальнего Востока. Положение сада в центральной части города существенно осложняет его существование.